Umumnya Roh Kudus menyelesaikan pekerjaan ini melalui tiga cara:
Pertama, Roh Kudus menyebabkan hati kita berlimpah dengan anugerah dan menghasilkan buah yang melawan natur berdosa baik pada akar maupun carangnya. Dalam Galatia 5:19-23, Paulus mempertentangkan "perbuatan [buah] daging [natur yang berdosa]" dengan "buah Roh". Jika buah Roh berkembang dalam diri seseorang, natur berdosa tidak dapat berkembang pada waktu yang bersamaan.
Mengapa demikian? Paulus menjawab, "keduanya [yakni natur berdosa & buah Roh] bertentangan" (Gal. 5:17), maka keduanya tidak bisa bersama di dalam diri satu orang pada tingkat apapun. Pembaruan yang dikerjakan oleh Roh Kudus ini, sebagaimana diserukan dalam Titus 3:5, merupakan salah satu cara utama untuk mematikan dosa. Roh menyebabkan kita berjuang dengan penuh anugerah yang melawan dan menghancurkan pekerjaan natur yang berdosa dan sisa-sisa dari dosa yang masih ada itu.
Kedua, Roh Kudus memiliki pengaruh yang dramatis terhadap akar dan kebiasaan dosa: melemahkan, menghancurkan dan menyingkirkannya. Karena alasan inilah DIa disebut Roh yang mengadili dan Roh yang membakar (Yes. 4:5). Dia benar-benar menghancurkan dan menghanguskan keinginan berdosa kita. Dia memulai dengan membuang hati yang keras sebagai suatu kuasa yang dahsyat. Dia melanjutkan dengan api yang membakar habis akar keinginan yang jahat.
Ketiga, Roh Kudus membawa salib Kristus masuk ke dalam hati orang berdosa melalui iman dan memberi kita persekutuan dengan Kristus di dalam kematian dan penderitaanNya.
