Selain ayat-ayat langsung di dalam Alkitab, di dalam membangun doktrin, kita juga mendasarkannya pada referensi logis. Referensi logis adalah rujukan logis yang diterima secara akal sehat. Misalnya, Tuhan Yesus adalah Allah sejati yang kita ketahui dari Alkitab berdasarkan catatan-catatan bahwa Tuhan Yesus juga memiliki sifat-sifat Allah seperti mahatahu, mahakuasa dan sebagainya. Kita menggunakan logika, Allah bersifat mahatahu, Tuhan Yesus juga mahatahu maka Tuhan Yesus adalah Allah. Contoh lain, Allah adalah Pencipta, lalu Yohanes 1:3 dan Kolose 1:15 menyatakan bahwa Tuhan Yesus juga mencipta sehingga Tuhan Yesus harus diakui sebagai Allah sejati.
Contoh rujukan logis yang lain adalah Allah tidak bisa berubah maka tidak mungkin keselamatan bisa hilang. Allah adalah suci sehingga tidak mungkin membuat ketetapan yang berdosa. Allah tidak mungkin bersalah maka Alkitab sebagai firman Allah tidak bisa bersalah. Roh Kudus adalah Pribadi Ketiga Allah Tritunggal yang dapat murka dan menghukum. Tidak heran, ketika Ananias dan Safira mendustai Roh Kudus, mereka dihukum mati.
